ใน MHV โดเมน Ubl1 จับโปรตีนนิวคลีโอแคปซิด (N) บาคาร่า ที่เชื่อมโยงกันอย่างมีประสิทธิภาพ ดังนั้นจึงดูเหมือนว่าจะมีความสำคัญสำหรับการจำลองแบบของไวรัสเช่นเดียวกับการเริ่มต้นของการติดเชื้อไวรัส มีความสัมพันธ์ที่สำคัญระหว่างปฏิสัมพันธ์ Nsp3 กับโปรตีน N และการติดเชื้อ เนื่องจากปฏิสัมพันธ์นี้ทำหน้าที่เชื่อมโยงจีโนมของไวรัสไปยัง RTC ที่แปลใหม่ในระยะเริ่มต้นของการติดเชื้อไวรัสโคโรน่า ( Hurst et al., 2010 , Hurst et al., 2013 ). การลบแกน Ubl1 (ตกค้าง 19–111) ของ MHV ยกเลิกการจำลองแบบไวรัส ( Hurst et al., 2013 ) บริเวณเชื่อมต่อหลักของคอมเพล็กซ์ Ubl1−N เกี่ยวข้องกับกรดตกค้างของเกลียว Ubl1 α2 และบริเวณที่อุดมด้วยซีรีนและอาร์จินีน (บริเวณที่อุดมด้วย SR) ของโปรตีน N ดังที่แสดงโดยการทดลองการไทเทรต NMR (Keane และ Giedroc, 2013 ).

โครงสร้าง (ในมุมมองการ์ตูน) ของโดเมนที่มีลักษณะคล้าย ubiquitin 1 (Ubl1) และ Ubl2 ใน SARS-CoV, Ubl1 ใน MHV เช่นเดียวกับโครงสร้างที่คล้ายคลึงกัน (A) Ubl1 (ตกค้าง 20–108) ของ SARS-CoV (รายการ PDB: 2IDY ; Serrano et al., 2007 ) (B) Ubl1 (19–114) ของ MHV (รายการ PDB: 2M0A ; Keane and Giedroc, 2013 ) (C) Ubl2 (ตกค้าง 1–60) ของ SARS-CoV (รายการ PDB: 2FE8 ; Ratia et al., 2006 ) (D) มนุษย์ ubiquitin (รายการ PDB: 1UBQ ; Vijay-Kumar et al., 1987 ) (E) ยีนกระตุ้น interferon ของมนุษย์ 15 (hISG15; รายการ PDB: 1Z2M ; Narasimhan et al., 2005). hISG15 มีโดเมนคล้าย ubiquitin ที่เชื่อมโยงสองโดเมน ที่นี่ โดเมน N-terminal Ubl จะแสดงขึ้น (F) โดเมนการโต้ตอบ Ras ของ RalGDS (รายการ PDB: 1LFD ; Huang et al., 1998 ) เทอร์มินี N และ C ของโครงสร้างทั้งหมดถูกทำเครื่องหมายไว้ เฮลิซ α และ 3 10 (η) ทั้งหมดถูกติดฉลากและแสดงเป็นสีฟ้า เส้น β จะเป็นสีม่วงและลูปเป็นสีน้ำตาล รูปนี้และมะเดื่อ 3,มะเดื่อ 5และอีก 8 รายการถูกสร้างขึ้นโดยใช้ Chimera ( Pettersen et al., 2004 )

Nsp3 ของสายพันธุ์ SARS-CoV TOR2 (Genbank: AY274119.3 ); %: มวลโมเลกุล (kD); nd: ไม่ได้กำหนดโครงสร้าง * 1 : ไม่พบใน SARS-CoV; na: ใช้ไม่ได้ (ให้หมายเลขตกค้างสำหรับ SARS-CoV เท่านั้น); * 2 : โครงสร้าง Mac2−Mac3; * 3 : โครงสร้าง Mac3−DPUP; * 4 : โครงสร้าง โปร DPUP−Ubl2−PL2 ; * 5 : Ubl2−PL2 pro −C-terminal โดเมน Ubl ของโครงสร้าง ISG15 ของมนุษย์ * 6 : Ubl2−PL2 pro −C-terminal โดเมน Ubl ของโครงสร้าง ISG15 ของเมาส์ †: ภูมิภาคที่คาดการณ์โดยเซิร์ฟเวอร์ TMHMM เวอร์ชัน 2.0 ( Krogh et al., 2001 ) TM1 และ TM2 เป็นบริเวณทรานส์เมมเบรนในขณะที่ AH1 ไม่ใช่ (Oostra et al., 2008 ) Mac1 (โดเมน X) 184-365/19.5 เอกซเรย์ โรคซาร์ส-CoV Saikatendu และคณะ (2005) เอกซเรย์ โรคซาร์ส-CoV Egloff และคณะ (2006)  เอกซเรย์ HCoV-229E, IBV Xu และคณะ (2009) เอกซเรย์ HCoV-229E, IBV Piotrowski และคณะ (2009)  เอกซเรย์ FCoV Wojdyla และคณะ (2009) เอกซเรย์ MERS-CoV โช และคณะ (2016)

บทบาทการทำงานที่ทราบของ Ubl1 ใน CoV เกี่ยวข้องกับการจับแบบสายเดี่ยว (ssRNA) และมีปฏิสัมพันธ์กับโปรตีนนิวคลีโอแคปซิด (N) (มะเดื่อ 1ข; Serrano et al., 2007 , Hurst et al., 2010 , Hurst et al., 2013 ). Ubl1 ของ SARS-CoV จับ ssRNA ที่มีรูปแบบ AUA น่าแปลกที่บริเวณที่มีประจุลบจำนวนมาก (เช่น 3 10 helix, η1) แสดงการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างที่ชัดเจนในสเปกตรัม NMR เมื่อเติม RNA ลงในสารละลายโปรตีน ( Serrano et al., 2007 ) ซึ่งบ่งชี้ว่าการจับ RNA มีผลระยะยาว เกี่ยวกับโครงสร้างของโปรตีน เนื่องจากการปรากฏตัวของ AUA ซ้ำหลายครั้งในภูมิภาค 5′-untranslated (UTR) ของจีโนม SARS-CoV นั้น Ubl1 มีแนวโน้มที่จะเชื่อมโยงกับภูมิภาคนี้

 [ อ้างอิง ]